It's not me » ruby

BioRuby a Milano

Ego — Fri, 25 Feb 2011 10:53:48 +0000

Ieri è stato il mio primo talk italiano su BioRuby e la Bioinformatica.
Mi sono divertito un sacco, avevo un po il timore di parlare di cose dell’altro mondo e invece ho trovato delle persone che sapevano almeno vagamente di cosa stavo parlando.

Come al solito ho preparato tutto in fretta e furia ma sono discretamente contento della presentazione

 BioRuby e gli Engines di Rails -ITA- 
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Mi sono sentito a casa, immerso nei nerd come me. E’ stato bellissimo c’era voglia di parlare e condividere, cosa che spesso in ambiente accademico non avviene; chissà poi perché.

Sembra che ci sia la possibilità di organizzare un evento molto più grosso per Giugno e voglio a tutti i costi partecipare anche nell’organizzazione. Sarà all’ Università Bicocca-Milano quindi un bel bacino di utenza. Ho già in mente diverse cose ma solo idee per ora.

Sabato dovrei andare al Codemotion, anche lì sembra proprio un bell’evento.

Ho scoperto come è tremendamente bello comunicare agli altre le proprie idee, che vengono anche accettate.

Preparativi per il BOSC 2010

Ego — Fri, 25 Jun 2010 13:48:27 +0000

Inoltre per la settiman prossima dovrò anche dedicarmi allo sviluppo del supporto per la gestione dei plugin nelle librerie BioRuby.
C’è di buono che forse per il lavoro ex CNR riusciremo a mandare la lettera a NAR e quindi sarò un pochino più scarico di lavoro.
Oggi si programma molto bene, con il Piotta in sottofondo…

Mi stanno inizando ad arrivare le richieste per il Toga. Dovrò meditare su cosa farmi spaccare quest’anno.

RVM: a Cupid for Nginx and Phusion Passenger

Ego — Tue, 20 Apr 2010 15:12:59 +0000

I presented my work to my lab-group and it’s time to move the test applications in a stage aka “production” environment on my servers.
I’m fallen in love with Ruby Version Manager (RVM) which is running on my development virtual machine inside the Vaio.
Installing Ruby all the gems and the web server Nginx is so cool and easy, thanks God for RVM’s documentation. To run my rails application I’m using Nginx because it’s configuration is so dry and the engine is very fast.

Following the instruction here there is a little problem regarding … me I do not read the documentation… Wayne wrote about adding the right configuration in nginx/conf/nginx.conf if you are using rvm, but you know… the world is bad.

I need to replicate this configuration on different machines so I decided to create an old style patch to fix this annoing problem. You can download the patch here.

As reported in the Wayne’s documentation:
rvm ree gem install passenger patch -p0 < auto_set_rvm_env_with_nginx_phusion_passenger.patch rvmsudo passenger-install-nginx-module
Note, I’m using Ree not the standard one and the original file is located:
.rvm/gems/ree-1.8.7-2010.01/gems/passenger-2.2.11/bin/passenger-install-nginx-module

C’è sempre qualche cosa che non va

Ego — Thu, 04 Mar 2010 19:33:57 +0000

Dannazione ma sarà che son tornato dal Giappone da poco tempo, sarà una coincidenza astrale improbabile ma le mie sfortune informatiche si sono concentrate tutte oggi.
Terminata la corsa per la produzione di un’immagine che ci serve per un articolo prendo un lungo respiro e mi rimetto a lavorare sul prototipo di un progetto che sto portanto avanti, nome in codice SmartAtlas.
Giro in giro per la rete e trovo una cosa veramente carina per poter scrivere codice da remoto senza troppi sbattimenti, TM e RSE per Eclipse, anche perchè vorrei utilizzare i benedetti server che ho al lavoro.
Fino ad ora gli esperimenti li ho sempre fatti sul mio portatile con la mia macchinetta virtuale che funziona in modo decente ma non è ottimale.
Sui server e anche nella virtuale ho ubuntu ma come al solito per sviluppare con Rails e tutte le librerie nuove devo fare installazioni custom. Un mare di casini. Solo ora, dopo una giornata passata ad imprecare, scopro che è un problema di molti, mi tolgo il dubbio di essere sfortunato.
Rassegnato la rete e google mi regalano un altra sorpresa che devo ammettere è fantastica. Ruby Version Manager è geniale, permette di installare più versioni di ruby e più versioni di gems indipentendi e separate tra loro con la possibilità di spostarsi da una versione all’altra in modo soft e pratico.
Dopo il giubilo per queste cose bellissime, la tristezza mi assale. Prendo i db e li metto sul server, inizio le configurazioni per scoprire che i consulenti non hanno ancora terminato il lavoro = motivo per alcuni disservizi che stavo riscontrando da almeno 3 h pensando che gli alieni mi avessero requisito il server per giochi erotici loro.
La mia Ubuntu virtualizzata non ne vuole sapere di installare l’ultima versione di Rails 2.3.5 ma cazzo alla fine scopro che è un problema con il pacchetto rack che devo essere forzato alla versione 1.0.1 –_-’ Ovviamente questo in teoria perchè non è vero che l’ho installato.
gem sources -a http://chneukirchen.org/releases/gems/gems/ gem sources -u gem install rack -v=1.0.1

E poi la rete che non funziona a dovere ne al lavoro ne a casa. La chiave 3G fa cagare e son qui che penso di andarmi a guardare Lost.

Questo è un bel post dove viene spiegato RVM, tnx Alan.

Notizia interessante, Fallout 3 GOTY è arrivato all’HUB di Milano domani dovrei riceverlo. Sperem.

Nota personale: siamo nel 2010 e mi son rotto i coglioni di stare dietro a mille cose differenti per patch assurde e tutti che si vogliono fare 3 miliardi di repository differenti dove mettere le proprie cose… Ma un unico posto no è? Troppo facile.
Ho l’impressione che ci inventiamo cose troppo complicate che dobbiamo poi inseguire in modo indecente. RVM è un ottimo esempio di una cosa molto molto intelligente che ci semplifica la vita piuttosto che complicarla implicitamente.

Agile SPARQL

Ego — Fri, 12 Feb 2010 05:47:07 +0000

I’m attending the BioHackathon 2010, the topic is “Semantic Web”.

Everthing is fantastic, yeah you need a dozen of servers to crunch your data but that’s not the real problem. The real problem is how can we use that stuff ?

There are different answers to this simple question.

You can build a fancy/functional interface like BioGateway Semantic Systems Biology by Erick Antezana . Actually this is a great work that puts in the hands of “scientists” the power of Semantic Web. The facade is just a pice of the huge work done by Eric.

Then there are the programs that need to consume this information and this has been solved by Mark Wilkinson , Luke McCarthy and Paul Gordon with thier SADI project.

Then there are the people in the middle, blue helments of the OpenBio* projects like BioRuby, BioPython, BioPerl, BioJava that need to come up with a way to use the so called Semantic Web.

I’m a BioRuby and I was in charge to consume this SemWeb. Googling around I found ActiveRDF a very cute library which solved part of my/our problems. After some days of panic and bugs now BioRuby can consume in an Agile way every SPARQL endpoints. Thanks Eyal Oren, Renaud Delbru, Sebastian Gerke, and Benjamin Heitmann for your great work.

Query Bio2RDF GeneId endpoint.
I know, the cose is messy but it’s just a test…

Hey, but where is the agile stuff? Right there

myGeneSemWeb is an array of triplettes. Just grab the first one:

Not yet agile, yessss I know… but now?

AGILE NOW!!!!!!

At this point you can browse your object dinamically, the only limitation is moving from one domain to the other. We are using the geneid endpoint if you want to move to kegg it’s not yet possiblem but is something we want to do.

There are a lot of things to do:
* design the integration with bioruby
* handle multiple endpoints
* test federation and create federated queries
* provide to the end user a friendly api.
* We all are very happy to have met Brad Chapman and Peter Cock from BioPython Dev Team, we plan to develop the same/similar API and work together. You can find Brad’s work here
* I’d like to implement this by default as autocompletion into irb
* Map RDFS classes to BioRuby objects.