Pazienza, mi sento comunque in un periodo produttivo e questa attività comunitaria di sviluppo mi sta piacendo molto; anche se sono quasi solo

Come al solito ho preparato tutto in fretta e furia ma sono discretamente contento della presentazione

Mi sono sentito a casa, immerso nei nerd come me. E’ stato bellissimo c’era voglia di parlare e condividere, cosa che spesso in ambiente accademico non avviene; chissà poi perché.

Sembra che ci sia la possibilità di organizzare un evento molto più grosso per Giugno e voglio a tutti i costi partecipare anche nell’organizzazione. Sarà all’ Università Bicocca-Milano quindi un bel bacino di utenza. Ho già in mente diverse cose ma solo idee per ora.

Sabato dovrei andare al Codemotion, anche lì sembra proprio un bell’evento.

Ho scoperto come è tremendamente bello comunicare agli altre le proprie idee, che vengono anche accettate.

Addio Uri

In origine era il mio cane insieme a Luz, poi il tempo e lui hanno deciso di scegliere mio padre come suo amico fidato.
Era tanto che non stava bene e proprio oggi mio padre ha deciso di sopprimerlo.
Ieri l’avevo visto di sfuggita e stava parecchio male.
Me lo ricorderò sempre quando ho trovato lui e sua sorella in un cesto di un consorzio. Andrò a cercare la foto di quando erano cuccioli.
Un velo di tristezza patinerà questa giornata.

La Giò

Questo 2010 per tante cose è stato un casino pazzesco.
Ieri abbiamo avuto una bella notizia e mi ha portato una grande felicità. Lei Io e Tutti abbiamo un pò più di speranza.

Lavoro e progetti OpenSource

Il lavoro è andato bene e questa fine 2010 è stata e continua ad essere molto creativa per me. Penso di essere riuscito a dare un buon contributo al progetto BioRuby proponendo il sistema dei plugin al Bosc 2010 e per questo Natale ho regalato alla comunità il progetto BioGem: documentazione e sviluppo. Sono contento che Toshiaki mi consideri il riferimento per questo ramo di sviluppo.

DreamHost e la fede

Avevo perso la fede nei ragazzi di DreamHost ma oggi 31 Dicembre 2010 l’ho riacquistata. Tutto è iniziato ieri, avevo deciso di fare l’aggiornamento di WordPress perché Riccardo mi aveva avvisato di un bug severo. Visto che i Ragazzi di DreamHost mi hanno sempre abituato bene, attivo il servizio di aggiornamento automatico. Mi avvisano dei 5–10 min per l’aggiornamento ma immediatamente il blog è down, non raggiungibile. Era tardi e ho confidato che il bot facesse il suo dovere. La sera controllo a casa di Giò ma nulla, almeno il blog era raggiungibile anche se la versione era sempre la stessaa 3.0.1 la buggata. Questa mattina la sorpresa, il bot mi avvisa che l’aggiornamento è stato effettuato e controllando è veramente così.
Bravi DreamHost +1

Casa

Proprio non lo so, non sono in grado di definire con precisione un bilancio.
Per mio fratello sono contento, anche se alcune cose non le condivido.
Non sempre mi viene detto tutto e questo mi crea spesso molta frustrazione.
Spesso ho l’impressione che sia un grosso buco da riempire ma per tutta la fatica o sforzo che ci si metta non ci si riuscirà mai. Alle volte ho l’impressione, invece, che con impegno e sacrificio alcune cose possano essere sanate. Non so, sono molto combattuto sul da farsi.

Quello che sarà

Nel 2011 tante cose accadranno ma tante potrò farle accadere, spero di riuscire a farle cadere dalla parte buona.

Inoltre per la settiman prossima dovrò anche dedicarmi allo sviluppo del supporto per la gestione dei plugin nelle librerie BioRuby.
C’è di buono che forse per il lavoro ex CNR riusciremo a mandare la lettera a NAR e quindi sarò un pochino più scarico di lavoro.
Oggi si programma molto bene, con il Piotta in sottofondo…

Mi stanno inizando ad arrivare le richieste per il Toga. Dovrò meditare su cosa farmi spaccare quest’anno.

Lavoro:
Come ho detto ieri a Chiara, ho sempre la speranza di vivere in un prato fiorito ma la realtà invece è una savana.
Ci sono imporanti novità all’orizzonte. L’ INGM ha acquistato il sistema di sequenziamento del’Illumina, HiScanSQ. Questa è un’ottima cosa perchè finalmente ritornerò ad occuparmi di argomenti, a me, un pò più familiari. La savana di cui sopra è riferita al fatto che stiamo conducendo delle trattative per acquistare i calcolatori necessari a elaborare i dati. Ritengo di aver fatto un buon/ottimo lavoro insieme ai fornitori, ma c’è sempre qualcuno internamente che non è mai soddisfatto e questa cosa mi fa incazzare di bestia. Perchè deve sempre essere per forza mezzo vuoto il maledetto bicchiere? E perchè sempre le doppie facce? Perchè non ci sono le palle di affrontare le cose nel modo corretto o quanto meno leale?

Gli strascichi del Cnr incominciano ad assottigliarsi. I vecchi progetti li sto finendo, il che mi consola e mi permette di raccogliere le ultime energie necessario. In tutto questo mi aiuta il fatto che ho degli ottimi riscontri sui risultati sia dai collaboratori interni sia dagli esterni. Il primo di Luglio ci sarà una data importante per la sottomissione di un lavoro che voglio/devo finire.

Boston: il 6 partirò per il Bosc 2010 Bioinformatics Open Source Conference, dove con il supporto del DBCLS e Toshiaki Katayama parlerò dei progressi fatti dal progetto BioRuby. Sono entusiasta ma anche un pò “spaventato”, è la prima vera volta che vado a parlare ad un convegno internazionale davanti a una platea di persone si stimolanti ma sicuramente molto critici, in senso positivo intendo.

Con l’arrivo del sequenziatore a Luglio bisognerà rimboccarsi le machine ma finendo alcuni progetti interni e gli strascichi del passato spero di poter avere più tempo per ciò che non è necessariamente lavoro. Ne ho parecchio sofferto in questi ultimo mesi, per vari motivo. Alle volte mi fermo e mi accorgo che passo pochissimo tempo con le persone ad ascoltarle. E’ come se l’essere concentrati su un obiettivo ti crei un corazza impenetrabile che riflette chi da fuori vuole comunicare. Non c’è essenzialmente cattiveria, si va alla deriva affettiva e un po si galleggia.

Bando a queste riflessioni un po tristi, devo trovare cosa fare per le vacanze. Non credo di riuscire ad essere così brillante come l’altra estate in cui prenotai il viaggio a Zanzibar dalla sera alla mattina. Mi piacerebbe andare sul Gargano, sarebbe bello in truppa ma anche andare a trovare Massi in Spagna.

Sta quasi iniziando il periodo di lavoro “normale”. Mi dirigo alla buca.

Everthing is fantastic, yeah you need a dozen of servers to crunch your data but that’s not the real problem. The real problem is how can we use that stuff ?

There are different answers to this simple question.

You can build a fancy/functional  interface like BioGateway Semantic Systems Biology by Erick Antezana . Actually this is a great work that puts in the hands of “scientists” the power of Semantic Web. The facade is just a pice of the huge work done by Eric.

Then there are the programs that need to consume this information and this has been solved by Mark Wilkinson , Luke McCarthy and Paul Gordon with thier SADI project.

Then there are the people in the middle, blue helments of the OpenBio* projects like BioRuby, BioPython, BioPerl, BioJava that need to come up with a way to use the so called Semantic Web.

I’m a BioRuby and I was in charge to consume this SemWeb. Googling around I found ActiveRDF a very cute library which solved part of my/our problems. After some days of panic and bugs now BioRuby can consume in an Agile way every SPARQL endpoints. Thanks Eyal Oren, Renaud Delbru, Sebastian Gerke, and Benjamin Heitmann for your great work.

Query Bio2RDF GeneId endpoint.
I know, the cose is messy but it’s just a test…

Hey, but where is the agile stuff? Right there

myGeneSemWeb is an array of triplettes. Just grab the first one:

Not yet agile, yessss I know… but now?

AGILE NOW!!!!!!

At this point you can browse your object dinamically, the only limitation is moving from one domain to the other. We are using the geneid endpoint if you want to move to kegg it’s not yet possiblem but is something we want to do.

There are a lot of things to do:
* design the integration with bioruby
* handle multiple endpoints
* test federation and create federated queries
* provide to the end user a friendly api.
* We all are very happy to have met Brad Chapman and Peter Cock from BioPython Dev Team, we plan to develop the same/similar API and work together. You can find Brad’s work here
* I’d like to implement this by default as autocompletion into irb
* Map RDFS classes to BioRuby objects.

Ho scelto la strada dello Skyliner da Narita a Tokyo, costoso ma almeno è comodo e veloce, tra l’altro ho aspettato solo pochi minuti una volta uscito dal controllo della dogana. Il cane antidroga aveva una simpatia per me ^_^, reale e non interessata.

A Ueno ho deciso di prendere la metro: prima la E line e poi la N per giungere alla fermata Todaimae, 5′ a pieni ed ero in albergo.

L’ albergo è imboscato in una viuzza, ho chiesto ad una in motorino che consegnava giornali, supponendo che conoscesse le strade e i posti facendo quel lavoro.  Albergo carino semplice, stanza buona, solo il cuscino è duro dannazione.

Doccia veloce e via ad incontrare gli amici del gruppo BioRuby al Building 12 del dipartimento di Ingegneria. Detta così sembra facile ma, ovvimanete di tutte le persone che ho incontrato lungo il percorso nessuno conosceva l’edificio, solo un ragazzo vistosamente non del luogo perchè di colore, mi ha saputo indicare la direzione solo dopo aver visto la pianta su google maps –_-’

Trovo Toshiaki, che mi aspetta, mezzo congelato. Gli avevo mandato una mail dall’hotel, moltooo tempo prima.

Baci e Abbracci. Loro sono dei geek e pure io quindi tavolone con pc collegari, televisoroni con siti web, merendine e snack a gogo.

Fatto il punto della situazione che è ovviamente visionario ed onirico, tiriamo fino a tempo di cenare.

Ci rintaniamo in un posto di Indiani, mangiando masala e pane al burro. Ottimo e non mi è rimasto nemmeno pesante.

Vorrei consegnare i regali per Toshiaki a Toshiaki, solo, ma è impossibile quindi abbiamo avuto anche il pubblico, ero parecchio scocciato, pazienza.

Ho dormito abbastanza bene, solo un risveglio verso le 04:30 AM locali, poi secco fino alle 08:00 AM.

Sveglia con comodo, tanto non ho ancora preparato nulla, non ho nemmeno la valigia.

Reinstallo un’applicazione che mi servirà per lavoro al BioHackathon,ovviamente perdo un sacco di tempo.

Esco e alle Ande trovo magicamente la mia borsa trolley convertibile zaino mille tasche e sembra solida, per 29.50 € direi che è un affare e diventa mia.

Pranzo con Giò in un barettino a Valmadrera, carbonara io e lasagne lei, ci siamo sfamati. E’ tanto bello quando riesco andare  a trovarla a metà giornata. Essendo lei poi il mio grillo parlante mi consiglia di non tornare a casa ma di fare tutte le commissioni subito e così faccio. Starò fuori tutto il pomeriggio quasi fino alle 17:00.

Organizzo le idee, tanto per dire perchè ho girato alla cazzo.

Voglio fare un regalo a Toshiaki e ho deciso per un caffè italiano e moka. Giranto per mille posto sperando di trovare l’occasione finisco per prenderne una da 4 e due barattoloni di Illy e Lavazza, peccato non capisca una mazza di caffè

Cerco dei guanti mezze dita ma sembra si siano estinti, li trovo solo da un’argentino simpaticissimo.

Ah dannazione mancano le piccole e la penna per l’agendina, Cattaneox per la pennza. Peter Pan per le bimbe, me ne esco con un puzzle di Lupo Alberto che in Giappone non avranno nemmeno mai visto, piacerà di sicuro, spero!

Torno alla base, non sistemo nulla e mi metto a giocare a MWF2, vinco come al solito e di brutto, soddisfatto controllo le piantine e le informazioni per il viaggio che fino a quel momento avevo solo archiviato nelle mail. Annoto tutto sulla moleschina con la mia fantastica penna nuova.

Solo in tarda serata preparo la valigia. Contengo la madre che vorrebbe mettermi la casa nel nuovo zaino.

Saluto parte del clan =RtF= e vR. che stanno giocando alla grande e aspetto Giò.

Si dorme, dio lei è bellissima. Non è che andrà in ufficio così vero?!

Oggi oltime cose, manca solo il bollo per il passaporto che prenderò in stazione Garibaldi oppure a Malpensa.  Ora che ci penso forse è ancora valido.

Nevica, mi piace.

Son contento di viaggiare anche se ho sempre un po di malinconia.

Tutti si chiedono che ci vada a fare, se riuscirò lo spiegherò qui un pezzettino alla volta. Nel frattempo ringrazio Toshiaki Katayama per avermi nuovamente invitato e dandomi questa magnifica possibilità.

Pace & Bene.