I primi giorni siamo stati ospiti di Brad Chapman, sviluppatore di BioPython, dove c’è stata una bella demo su come utilizzare il Cluod Computing o almeno come crearle le istanze da utilizzare. Ho capito che senza carta di credito non è possibile fare nulla, si paga anche il singolo bit. Nel reparto BioRuby ho dato supporto a Toshiaki per ciò che riguarda il SemanticWeb e il reverse engeneering della libreria ActiveRDF. Su questo fronte ci sarà da lavorare parecchio per due motivi:
1) la libreria è molto valida ma manche di alcune funzionalità avanzate che sembra siano “vitali” per chi pasticcia con il web semantico
2) secondo me è tutto molto complicato per l’omino della strada e questa cosa rischia di mettere una bella distanza tra lo strumento e l’utilizzatore. La soluzione a questo problema secondo me è un DSL fatto a puntino per questa problematica e credo che lavorarò su questo aspetto.

I giorni successivi abbiamo partecipato al BOSC2010 bell’evento ma non è quello che vorremo Io e Brad, ci piacerebbe molto molto una cosa interattiva dove ci siano si i talk ma anche una bella fetta di tempo per parlare e discutere. Mi sembra che come al solito si cerchi di spingere per la propria versione.

Il keynote della seconda giornata è stato istruttivo, l’ha tenuto il presidente della Apache Foundation, ci ha spiagato la nascita e le difficoltà che hanno incontrato ma anche come si potrebbe fare per poter riunire tutti i progetti OpenBio* sotto un’unica fondazione che possa garantire la nostra sopravvivenza e ci permetta di lavorare anche in modo molto piu attivo su ciò che siamo interessati.

Per la mia presentazione be non ho dorminto avevo in testa una cosa e credo ne sia uscita un’altra. Mi è piaciuto però quando si può comunicare prensentare il proprio lavoro e trovare persone come Drad (BioPython) e Chris Fields (BioPerl) aperte alla collaborazione mi sento gratificato. Nel lavoro di tutti i giorni devo trovare il modo di riversare molto più tempo per l’attività di sviluppo di BioRuby sono convinto che mi potrebbe portare lontano.

Oggi ho girato un po a zonzo di ignoranza per la città, purtroppo non sono riuscito a trovare ciò che cercato per mio cugino il maledetto negozio era chiuso.

E qui un po di foto per Giò

Inoltre per la settiman prossima dovrò anche dedicarmi allo sviluppo del supporto per la gestione dei plugin nelle librerie BioRuby.
C’è di buono che forse per il lavoro ex CNR riusciremo a mandare la lettera a NAR e quindi sarò un pochino più scarico di lavoro.
Oggi si programma molto bene, con il Piotta in sottofondo…

Mi stanno inizando ad arrivare le richieste per il Toga. Dovrò meditare su cosa farmi spaccare quest’anno.

Giornata strana perchè torno dalle faccende amminsitrative, non andrò a Milano troppo tempo perso ormai. Lavoro da casa e questo è molto bene. Giornata a metà direi, pazienza è risultata comunque produttiva.

Macchina dal mecca. Venn quasi pronti. Chicchierata piacevole con amico e musica a palla.
Dovrei trovare il modo di lavorare da casa molto più spesso, ma forse la priorità sarebbe trovare una nuova casa

Ho appurato che le cose che dovrebbero essere “facilissime” non lo sono per un cazzo, dicono bugie. Come collegarsi alla vpn da casa, come usare R perchè è più comodo, come fare esperimenti che tanto vengono, come bere la birra con la vodka dentro.

E mi merito una ricompensa, bella fresca.

Salute.

Lavoro:
Come ho detto ieri a Chiara, ho sempre la speranza di vivere in un prato fiorito ma la realtà invece è una savana.
Ci sono imporanti novità all’orizzonte. L’ INGM ha acquistato il sistema di sequenziamento del’Illumina, HiScanSQ. Questa è un’ottima cosa perchè finalmente ritornerò ad occuparmi di argomenti, a me, un pò più familiari. La savana di cui sopra è riferita al fatto che stiamo conducendo delle trattative per acquistare i calcolatori necessari a elaborare i dati. Ritengo di aver fatto un buon/ottimo lavoro insieme ai fornitori, ma c’è sempre qualcuno internamente che non è mai soddisfatto e questa cosa mi fa incazzare di bestia. Perchè deve sempre essere per forza mezzo vuoto il maledetto bicchiere? E perchè sempre le doppie facce? Perchè non ci sono le palle di affrontare le cose nel modo corretto o quanto meno leale?

Gli strascichi del Cnr incominciano ad assottigliarsi. I vecchi progetti li sto finendo, il che mi consola e mi permette di raccogliere le ultime energie necessario. In tutto questo mi aiuta il fatto che ho degli ottimi riscontri sui risultati sia dai collaboratori interni sia dagli esterni. Il primo di Luglio ci sarà una data importante per la sottomissione di un lavoro che voglio/devo finire.

Boston: il 6 partirò per il Bosc 2010 Bioinformatics Open Source Conference, dove con il supporto del DBCLS e Toshiaki Katayama parlerò dei progressi fatti dal progetto BioRuby. Sono entusiasta ma anche un pò “spaventato”, è la prima vera volta che vado a parlare ad un convegno internazionale davanti a una platea di persone si stimolanti ma sicuramente molto critici, in senso positivo intendo.

Con l’arrivo del sequenziatore a Luglio bisognerà rimboccarsi le machine ma finendo alcuni progetti interni e gli strascichi del passato spero di poter avere più tempo per ciò che non è necessariamente lavoro. Ne ho parecchio sofferto in questi ultimo mesi, per vari motivo. Alle volte mi fermo e mi accorgo che passo pochissimo tempo con le persone ad ascoltarle. E’ come se l’essere concentrati su un obiettivo ti crei un corazza impenetrabile che riflette chi da fuori vuole comunicare. Non c’è essenzialmente cattiveria, si va alla deriva affettiva e un po si galleggia.

Bando a queste riflessioni un po tristi, devo trovare cosa fare per le vacanze. Non credo di riuscire ad essere così brillante come l’altra estate in cui prenotai il viaggio a Zanzibar dalla sera alla mattina. Mi piacerebbe andare sul Gargano, sarebbe bello in truppa ma anche andare a trovare Massi in Spagna.

Sta quasi iniziando il periodo di lavoro “normale”. Mi dirigo alla buca.

Following the instruction here there is a little problem regarding … me I do not read the documentation… Wayne wrote about adding the right configuration in nginx/conf/nginx.conf if you are using rvm, but you know… the world is bad.

I need to replicate this configuration on different machines so I decided to create an old style patch to fix this annoing problem. You can download the patch here.

As reported in the Wayne’s documentation:

rvm ree
gem install passenger
patch -p0 < auto_set_rvm_env_with_nginx_phusion_passenger.patch
rvmsudo passenger-install-nginx-module

Note, I'm using Ree not the standard one and the original file is located:

.rvm/gems/ree-1.8.7-2010.01/gems/passenger-2.2.11/bin/passenger-install-nginx-module


Reading a lot of posts this seems not to be the ultimate solution, I mean it’s not guaranteed that it works 100%.

Have fun!

The vmnetcfg.exe is included in the installer, but won’t be installed.
1. Run the installer with /e option. For example:
VMware-player-3.0.0-197124.exe /e .\extract
All contents will be extracted to “extract” folder.
2. Open “network.cab” and copy vmnetcfg.exe to your installation folder,
typically “C:\Program Files\VMware\VMware Player\”.

-_-’

Ora provo e spero di risolvere.

Update: ho risolto visto che la macchina viene esposta direttamente in una rete interna con un ip assegnato 192.168.38.128 nel mio caso. Ora dovrei provare a creare altre macchine eseguendole per vedere come si comporta il sistema.